Akceleratory graficzne nVidia Tesla umożliwiły dokonanie przełomu w badaniach nad wirusem HIV

0

Naukowcy z Uniwersytetu Illinois w Urbana-Champaign (UIUC) po raz pierwszy w historii określili precyzyjnie chemiczną strukturę kapsydu wirusa HIV, tj. białkowego płaszcza chroniącego jego materiał genetyczny. Poznanie tej struktury jest kluczowe do powstania nowych i skutecznych leków antyretrowirusowych pomagających zwalczyć wirusa. Przy tym przełomowym wydarzeniu wykorzystano maszynę bazującą na platformie Cray XK7, wyposażoną w 3000 akceleratorów graficznych nVidia Tesla K20X, która była częścią superkomputera Blue Waters. Jej moc pozwoliła naukowcom na uruchomienie największej symulacji w historii badań naukowych, obejmującej aż 64 miliony molekuł.

Dzięki temu naukowcy z UIUC poznali szczegóły struktury kapsydu, czyli białkowej osłony wirusa, która zawiera jego materiał genetyczny. Chroni ona i wprowadza ten materiał do ludzkich komórek. Po przedostaniu się do środka, materiał jest wypuszczany na zewnątrz. Tak rozpoczyna się infekcja.

Dzięki planowanemu zwiększeniu liczby akceleratorów graficznych w superkomputerze Blue Waters, naukowcy z UIUC planują wydłużenie czasu symulacji, aby uzyskać lepszy wgląd w strukturę oraz zachowanie kapsydu HIV. Do tej pory nie utworzono jeszcze leków, których celem byłby kapsyd wirusa HIV. Jednak zdobyte informacje o strukturze kapsydu wirusa HIV dają farmakologom możliwość stworzenia nowych i bardziej skutecznych leków zwalczających HIV.